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// contributed by Jesse Millikan
// Base on the Ruby version by jose fco. gonzalez
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GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA\n\
GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA\n\
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GCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTC\n\
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GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGA\n\
GCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAG\n\
GCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGAT\n\
CACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTA\n\
AAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGG\n\
CTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGC\n\
CACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTG\n\
GCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAG\n\
GAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAT\n\
TAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGA\n\
ATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAG\n\
CCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTA\n\
ATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCA\n\
GCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGG\n\
TGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCC\n\
GGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGA\n\
GCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTT\n\
GGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACAT\n\
GGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTG\n\
TAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGT\n\
TGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTC\n\
TCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGC\n\
GGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGT\n\
CTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTAC\n\
TCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGA\n\
GATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGG\n\
GCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCT\n\
GAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT\n\
ACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAG\n\
GCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTG\n\
CACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCA\n\
CGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTT\n\
CGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCC\n\
GGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGC\n\
TTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGG\n\
GCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCC\n\
AGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTG\n\
GCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCG\n\
CGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAG\n\
GCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAG\n\
ACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG\n\
GCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGA\n\
AACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATC\n\
CCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAG\n\
TGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAA\n\
AAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCG\n\
GATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTA\n\
CTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGG\n\
AGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCG\n\
CGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCG\n\
GTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGT\n\
CAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAA\n\
AATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGG\n\
AGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTC\n\
CAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCT\n\
GTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGA\n\
CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCG\n\
TGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAA\n\
CCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGAC\n\
AGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAC\n\
TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAA\n\
CATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGC\n\
CTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGA\n\
GGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCC\n\
GTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGA\n\
GGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCC\n\
CGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGC\n\
TACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGC\n\
CGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGC\n\
CGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCA\n\
CCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAA\n\
AATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCT\n\
GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCA\n\
CTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGC\n\
TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGA\n\
GTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA\n\
GCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT\n\
CGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCC\n\
TGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAAT\n\
CCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGC\n\
CTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTG\n\
GCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGG\n\
GAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGC\n\
GAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG\n\
GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGG\n\
TGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTA\n\
ATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTG\n\
CAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTC\n\
AAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGG\n\
GCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCT\n\
CTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTC\n\
GGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGA\n\
TCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGC\n\
GCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGA\n\
GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC\n\
AAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGC\n\
AGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCA\n\
CTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACG\n\
CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCG\n\
AGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGG\n\
GCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTT\n\
GAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGC\n\
GACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG\n\
CACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGC\n\
CAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCG\n\
CGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGC\n\
GGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGAC\n\
TCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC\n\
CGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAA\n\
CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCC\n\
AGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTG\n\
AGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA\n\
GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA\n\
TCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACT\n\
AAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAG\n\
GCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG\n\
CCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGT\n\
GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA\n\
GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA\n\
TTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG\n\
AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA\n\
GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT\n\
AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC\n\
AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG\n\
GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC\n\
CGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAG\n\
AGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTT\n\
TGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACA\n\
TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCT\n\
GTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGG\n\
TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGT\n\
CTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG\n\
CGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCG\n\
TCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTA\n\
CTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCG\n\
AGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCG\n\
GGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACC\n\
TGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA\n\
TACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA\n\
GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT\n\
GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC\n\
ACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGT\n\
TCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGC\n\
CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG\n\
CTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTG\n\
GGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCC\n\
CAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT\n\
GGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGC\n\
GCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGA\n\
GGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGA\n\
GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA\n\
GGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG\n\
AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAAT\n\
CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCA\n\
GTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA\n\
AAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGC\n\
GGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCT\n\
ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGG\n\
GAGGCTGAGGCAGGAGAATC\n\
>TWO IUB ambiguity codes\n\
cttBtatcatatgctaKggNcataaaSatgtaaaDcDRtBggDtctttataattcBgtcg\n\
tactDtDagcctatttSVHtHttKtgtHMaSattgWaHKHttttagacatWatgtRgaaa\n\
NtactMcSMtYtcMgRtacttctWBacgaaatatagScDtttgaagacacatagtVgYgt\n\
cattHWtMMWcStgttaggKtSgaYaaccWStcgBttgcgaMttBYatcWtgacaYcaga\n\
gtaBDtRacttttcWatMttDBcatWtatcttactaBgaYtcttgttttttttYaaScYa\n\
HgtgttNtSatcMtcVaaaStccRcctDaataataStcYtRDSaMtDttgttSagtRRca\n\
tttHatSttMtWgtcgtatSSagactYaaattcaMtWatttaSgYttaRgKaRtccactt\n\
tattRggaMcDaWaWagttttgacatgttctacaaaRaatataataaMttcgDacgaSSt\n\
acaStYRctVaNMtMgtaggcKatcttttattaaaaagVWaHKYagtttttatttaacct\n\
tacgtVtcVaattVMBcttaMtttaStgacttagattWWacVtgWYagWVRctDattBYt\n\
gtttaagaagattattgacVatMaacattVctgtBSgaVtgWWggaKHaatKWcBScSWa\n\
accRVacacaaactaccScattRatatKVtactatatttHttaagtttSKtRtacaaagt\n\
RDttcaaaaWgcacatWaDgtDKacgaacaattacaRNWaatHtttStgttattaaMtgt\n\
tgDcgtMgcatBtgcttcgcgaDWgagctgcgaggggVtaaScNatttacttaatgacag\n\
cccccacatYScaMgtaggtYaNgttctgaMaacNaMRaacaaacaKctacatagYWctg\n\
ttWaaataaaataRattagHacacaagcgKatacBttRttaagtatttccgatctHSaat\n\
actcNttMaagtattMtgRtgaMgcataatHcMtaBSaRattagttgatHtMttaaKagg\n\
YtaaBataSaVatactWtataVWgKgttaaaacagtgcgRatatacatVtHRtVYataSa\n\
KtWaStVcNKHKttactatccctcatgWHatWaRcttactaggatctataDtDHBttata\n\
aaaHgtacVtagaYttYaKcctattcttcttaataNDaaggaaaDYgcggctaaWSctBa\n\
aNtgctggMBaKctaMVKagBaactaWaDaMaccYVtNtaHtVWtKgRtcaaNtYaNacg\n\
gtttNattgVtttctgtBaWgtaattcaagtcaVWtactNggattctttaYtaaagccgc\n\
tcttagHVggaYtgtNcDaVagctctctKgacgtatagYcctRYHDtgBattDaaDgccK\n\
tcHaaStttMcctagtattgcRgWBaVatHaaaataYtgtttagMDMRtaataaggatMt\n\
ttctWgtNtgtgaaaaMaatatRtttMtDgHHtgtcattttcWattRSHcVagaagtacg\n\
ggtaKVattKYagactNaatgtttgKMMgYNtcccgSKttctaStatatNVataYHgtNa\n\
BKRgNacaactgatttcctttaNcgatttctctataScaHtataRagtcRVttacDSDtt\n\
aRtSatacHgtSKacYagttMHtWataggatgactNtatSaNctataVtttRNKtgRacc\n\
tttYtatgttactttttcctttaaacatacaHactMacacggtWataMtBVacRaSaatc\n\
cgtaBVttccagccBcttaRKtgtgcctttttRtgtcagcRttKtaaacKtaaatctcac\n\
aattgcaNtSBaaccgggttattaaBcKatDagttactcttcattVtttHaaggctKKga\n\
tacatcBggScagtVcacattttgaHaDSgHatRMaHWggtatatRgccDttcgtatcga\n\
aacaHtaagttaRatgaVacttagattVKtaaYttaaatcaNatccRttRRaMScNaaaD\n\
gttVHWgtcHaaHgacVaWtgttScactaagSgttatcttagggDtaccagWattWtRtg\n\
ttHWHacgattBtgVcaYatcggttgagKcWtKKcaVtgaYgWctgYggVctgtHgaNcV\n\
taBtWaaYatcDRaaRtSctgaHaYRttagatMatgcatttNattaDttaattgttctaa\n\
ccctcccctagaWBtttHtBccttagaVaatMcBHagaVcWcagBVttcBtaYMccagat\n\
gaaaaHctctaacgttagNWRtcggattNatcRaNHttcagtKttttgWatWttcSaNgg\n\
gaWtactKKMaacatKatacNattgctWtatctaVgagctatgtRaHtYcWcttagccaa\n\
tYttWttaWSSttaHcaaaaagVacVgtaVaRMgattaVcDactttcHHggHRtgNcctt\n\
tYatcatKgctcctctatVcaaaaKaaaagtatatctgMtWtaaaacaStttMtcgactt\n\
taSatcgDataaactaaacaagtaaVctaggaSccaatMVtaaSKNVattttgHccatca\n\
cBVctgcaVatVttRtactgtVcaattHgtaaattaaattttYtatattaaRSgYtgBag\n\
aHSBDgtagcacRHtYcBgtcacttacactaYcgctWtattgSHtSatcataaatataHt\n\
cgtYaaMNgBaatttaRgaMaatatttBtttaaaHHKaatctgatWatYaacttMctctt\n\
ttVctagctDaaagtaVaKaKRtaacBgtatccaaccactHHaagaagaaggaNaaatBW\n\
attccgStaMSaMatBttgcatgRSacgttVVtaaDMtcSgVatWcaSatcttttVatag\n\
ttactttacgatcaccNtaDVgSRcgVcgtgaacgaNtaNatatagtHtMgtHcMtagaa\n\
attBgtataRaaaacaYKgtRccYtatgaagtaataKgtaaMttgaaRVatgcagaKStc\n\
tHNaaatctBBtcttaYaBWHgtVtgacagcaRcataWctcaBcYacYgatDgtDHccta\n\
aagacYRcaggattHaYgtKtaatgcVcaataMYacccatatcacgWDBtgaatcBaata\n\
cKcttRaRtgatgaBDacggtaattaaYtataStgVHDtDctgactcaaatKtacaatgc\n\
gYatBtRaDatHaactgtttatatDttttaaaKVccYcaaccNcBcgHaaVcattHctcg\n\
attaaatBtatgcaaaaatYMctSactHatacgaWacattacMBgHttcgaatVaaaaca\n\
BatatVtctgaaaaWtctRacgBMaatSgRgtgtcgactatcRtattaScctaStagKga\n\
DcWgtYtDDWKRgRtHatRtggtcgaHgggcgtattaMgtcagccaBggWVcWctVaaat\n\
tcgNaatcKWagcNaHtgaaaSaaagctcYctttRVtaaaatNtataaccKtaRgtttaM\n\
tgtKaBtRtNaggaSattHatatWactcagtgtactaKctatttgRYYatKatgtccgtR\n\
tttttatttaatatVgKtttgtatgtNtataRatWYNgtRtHggtaaKaYtKSDcatcKg\n\
taaYatcSRctaVtSMWtVtRWHatttagataDtVggacagVcgKWagBgatBtaaagNc\n\
aRtagcataBggactaacacRctKgttaatcctHgDgttKHHagttgttaatgHBtatHc\n\
DaagtVaBaRccctVgtgDtacRHSctaagagcggWYaBtSaKtHBtaaactYacgNKBa\n\
VYgtaacttagtVttcttaatgtBtatMtMtttaattaatBWccatRtttcatagVgMMt\n\
agctStKctaMactacDNYgKYHgaWcgaHgagattacVgtttgtRaSttaWaVgataat\n\
gtgtYtaStattattMtNgWtgttKaccaatagNYttattcgtatHcWtctaaaNVYKKt\n\
tWtggcDtcgaagtNcagatacgcattaagaccWctgcagcttggNSgaNcHggatgtVt\n\
catNtRaaBNcHVagagaaBtaaSggDaatWaatRccaVgggStctDaacataKttKatt\n\
tggacYtattcSatcttagcaatgaVBMcttDattctYaaRgatgcattttNgVHtKcYR\n\
aatRKctgtaaacRatVSagctgtWacBtKVatctgttttKcgtctaaDcaagtatcSat\n\
aWVgcKKataWaYttcccSaatgaaaacccWgcRctWatNcWtBRttYaattataaNgac\n\
acaatagtttVNtataNaYtaatRaVWKtBatKagtaatataDaNaaaaataMtaagaaS\n\
tccBcaatNgaataWtHaNactgtcDtRcYaaVaaaaaDgtttRatctatgHtgttKtga\n\
aNSgatactttcgagWaaatctKaaDaRttgtggKKagcDgataaattgSaacWaVtaNM\n\
acKtcaDaaatttctRaaVcagNacaScRBatatctRatcctaNatWgRtcDcSaWSgtt\n\
RtKaRtMtKaatgttBHcYaaBtgatSgaSWaScMgatNtctcctatttctYtatMatMt\n\
RRtSaattaMtagaaaaStcgVgRttSVaScagtgDtttatcatcatacRcatatDctta\n\
tcatVRtttataaHtattcYtcaaaatactttgVctagtaaYttagatagtSYacKaaac\n\
gaaKtaaatagataatSatatgaaatSgKtaatVtttatcctgKHaatHattagaaccgt\n\
YaaHactRcggSBNgtgctaaBagBttgtRttaaattYtVRaaaattgtaatVatttctc\n\
ttcatgBcVgtgKgaHaaatattYatagWacNctgaaMcgaattStagWaSgtaaKagtt\n\
ttaagaDgatKcctgtaHtcatggKttVDatcaaggtYcgccagNgtgcVttttagagat\n\
gctaccacggggtNttttaSHaNtatNcctcatSaaVgtactgBHtagcaYggYVKNgta\n\
KBcRttgaWatgaatVtagtcgattYgatgtaatttacDacSctgctaaaStttaWMagD\n\
aaatcaVYctccgggcgaVtaaWtStaKMgDtttcaaMtVgBaatccagNaaatcYRMBg\n\
gttWtaaScKttMWtYataRaDBMaDataatHBcacDaaKDactaMgagttDattaHatH\n\
taYatDtattDcRNStgaatattSDttggtattaaNSYacttcDMgYgBatWtaMagact\n\
VWttctttgYMaYaacRgHWaattgRtaagcattctMKVStatactacHVtatgatcBtV\n\
NataaBttYtSttacKgggWgYDtgaVtYgatDaacattYgatggtRDaVDttNactaSa\n\
MtgNttaacaaSaBStcDctaccacagacgcaHatMataWKYtaYattMcaMtgSttDag\n\
cHacgatcaHttYaKHggagttccgatYcaatgatRaVRcaagatcagtatggScctata\n\
ttaNtagcgacgtgKaaWaactSgagtMYtcttccaKtStaacggMtaagNttattatcg\n\
tctaRcactctctDtaacWYtgaYaSaagaWtNtatttRacatgNaatgttattgWDDcN\n\
aHcctgaaHacSgaataaRaataMHttatMtgaSDSKatatHHaNtacagtccaYatWtc\n\
actaactatKDacSaStcggataHgYatagKtaatKagStaNgtatactatggRHacttg\n\
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cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\
gagatacctttgcaattttt\n";
dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;
var ilen, clen,
seqs = [
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/[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,
/a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,
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/agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
/agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
subs = {
B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }
ilen = dnaInput.length;
// There is no in-place substitution
dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
clen = dnaInput.length
var dnaOutputString;
for(i in seqs)
dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
// match returns null if no matches, so replace with empty
for(k in subs)
dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k], "g")
// search string, replacement string, flags
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